주식회사를 운영할 때는 주주 개인과 법인이 확실히 분리되어 운영되어야 하는데 이를 지키지 않고 개인이 마음대로 주식회사를 운영하는 경우 주식회사가 가지는 가장 큰 장점인 유한책임 등 주식회사로서 보호받을 수 있는 권리를 박탈당할 수 있으니 주의해야 한다. 주식회사는 세법상 C 주식회사(C-Corporation)와 S 주식회사(S- Corporation)로 나누어지는데 많은 납세자가 S 주식회사가 더 유리한 형태라고 알고 있지만 실제로는 주주들의 구성요소, 비즈니스 인더스트리, 자본금과 이득금 배분의 방식 등에 따라 C 주식회사가 더 유리한 경우도 많이 있으니 회사 설립 시 전문가와 반드시 상의해 볼 필요가 있다.

C 주식회사의 가장 큰 단점으로 꼽히는 것이 1) 이중과세인데, 이중과세란 법인에서 법인이 벌어들인 소득에 대해 먼저 소득세를 납부하고 남는 이득금을 주주에게 배당하는 경우에 법인 소득세를 납부한 이익에 대해서 주주 개인이 배당 소득에 대해 다시 소득세를 납부하게 되는 것으로 같은 소득에 대해 세금을 두 번 납부하게 되는 것을 말한다. 다른 단점으로는 2) 일반적으로 회사가 손실을 본 경우에 회사의 손실을 개인으로 이전하여 해당연도의 개인 소득과 상계하여 개인 소득세 신고 시 세금 혜택을 누릴 수 있는데, C 주식회사의 경우 회사에 손실이 발생하면 누적적자라 하여 회사의 자산인 것처럼 쌓아 놓았다가 회사가 수입이 발생한 경우에 상계시켜 법인세를 줄여 줄 수 있지만, 주주 개인에게는 손실이 이전되지 않는다. 3) 의사, 보험설계사, 회계사, 변호사, 건축가 등 특정 전문직 서비스업의 경우에는 법인의 모든 소득에 대해 35%의 높은 세율이 부과되기 때문에 전문직 서비스업의 경우는 C 주식회사를 선호하지 않는다.

C 주식회사의 장점으로는 1) 투자자의 유한책임으로 투자자는 본인이 투자한 금액의 한도 내에서 책임을 지게 된다. 즉, 소유와 경영이 분리되어 투자자 본인이 회사를 상대로 사기, 횡령, 배임 등의 범죄 행위를 저지른 경우가 아니라면 C 주식회사에서 동업 투자자 또는 회사 내부의 과실로 인해 발생하는 손해에 대해서는 투자자 개인에게 책임을 묻지 않는다. 따라서 소송과 채무 등에 노출이 많은 회사의 경우 더욱 유리하다. 2) 내국인뿐만 아니라 외국인 그리고 다른 법인 또는 사업체로부터 자유로이 투자를 유치할 수 있고 주식 거래를 통해 자본금 확보가 상대적으로 다른 법인의 형태에 비해 수월하기 때문에 주식시장 상장 계획이 있는 경우 유리하다. 3) 소유와 경영이 분리되어 회사가 종업원에게 임금 이외에 지급하는 부가 혜택에 대해서도 개인 소득으로 처리되지 않고 법인의 비용으로 처리할 수 있다. 예를 들어, 회사 경영진 및 직원 그리고 그 가족들을 위해 제공되는 건강 보험 및 각종 혜택에 대하여 지급하는 비용의 대부분에 대하여 실제 비용 공제를 받을 수 있다.