자동차 비용과 관련해 세금 공제를 받기 위해서는 생각보다 매우 자세한 서류와 입증 자료가 필요할 뿐 아니라, 자동차 관련 비용은 자주 감사의 대상이 되기 때문에 증빙 자료로 운행 날짜, 출발지와 도착지 그리고 운행 목적 등을 기록한 자동차 운행 기록부를 반드시 작성해 두는 것이 필요하다.

자동차 비용 금액을 결정하는 방법에는 표준공제 방법과 실비정산 방법 두 가지가 있는데 어떤 방법이든지 개인 용도와 비즈니스 용도로 나누어야 하고 개인 용도나 출퇴근용 자동차 비용은 공제받을 수 없다는 점에 유의해야 한다.

예를 들어 집에서 출발해서 사무실까지 가는 거리는 온전히 출퇴근 명목이므로 세금 공제를 받을 수 없다. 하지만 사무실에서 비즈니스 관련 상담을 하러 가는 경우에 사무실에서 미팅 장소까지는 비즈니스 명목이므로 세금 공제를 받을 수 있다. 그리고 다시 사무실로 돌아온다면 이 역시 비즈니스 관련 비용이므로 공제를 받을 수 있으나 미팅 장소에서 바로 집으로 퇴근하는 경우는 출퇴근 명목이므로 세금 공제를 받을 수 없다.


이렇게 비즈니스용 마일리지를 입증하고 나면 자동차 비용 공제를 어떻게 받을 것인지 선택해야 하는데 표준공제 방법을 선택할 경우, 계산한 비즈니스 마일리지에 기본 마일리지 비율을 곱해서 나오는 만큼을 비즈니스 비용으로 공제할 수 있고, 실비정산 방법을 선택하는 경우에는 일 년 동안 지출한 연료비, 오일 교환, 수리, 보험, 자동차 세금, 이자 등 비용에 자동차에 대한 감가상각 비용을 합한 금액에서 당해 전체 사용 마일리지 중 결정된 비즈니스 마일리지 퍼센트만큼 공제받을 수 있다.

납세자가 표준공제 방법을 선택한 경우에는 표준공제 방법이 이미 차량 관련 모든 비용을 포함하여 계산되었기 때문에 자동차 관련 비용을 따로 공제할 수 없다. 단, 비즈니스 목적으로 사용된 주차비와 통행료는 자동차 비용이 아닌 주차비 또는 통행료라는 비즈니스 공제 항목으로 공제를 받을 수 있다.

자동차가 비즈니스로 사용된 첫해에 표준 공제 방법을 이용한 경우에는 그다음 해에는 실비정산 방법과 표준공제 방법을 계산하여 납세자에게 더 유리한 방법을 선택할 수 있지만, 첫해에 실비 공제 방법을 사용한 납세자는 그 자동차에 관해서는 실비 공제 방법만을 사용하여 공제신청을 해야 한다는 점에는 유의해야 한다.

업무와 관련하여 차량이 필요한 경우에 리스하는 것과 구매하는 것 중 어느 것이 유리한지 고민하는 경우가 많은데 비교적 적은 비용으로 차량을 자주 바꿀 수 있는 리스가 유리하다고 볼 수 있으나 결국 목돈이 없어도 자동차를 사용할 수 있다는 말이지 구매가보다 비용이 적게 지출된다는 것은 아니다. 리스회사에서는 리스 가격 산정 시 구매할 때보다 고가로 자동차 가격을 책정하여 계산하므로 상대적으로 비싼 리스 비용을 부담해야 하는 단점이 있으며 리스인 경우 보험료도 구매 시보다 높게 되므로 절대적인 지출비용에서는 구매보다 지출되는 비용은 더 크다고 볼 수 있다.

2021년 1월 1일부터 자동차를 운행했을 때의 표준 공제율은 비즈니스 용도로 사용되었을 때는 마일당 56센트, 자선의 목적으로는 마일당 14센트, 그리고 병원 진료의 목적으로는 마일당 16센트를 공제받을 수 있다.